Trong một tương lai không xa, mực nước biển đột ngột dâng cao không rõ lý do đã nhấn chìm phần lớn nền văn minh nhân loại. Ikaruga Natsuki, một cậu bé mất mẹ và chân trong một tai nạn vài năm trước, trở về từ một cuộc sống khó khăn ở thành phố lớn với sự vỡ mộng, chỉ để thấy ngôi nhà cũ của mình ở nông thôn đã bị biển nuốt chửng một nửa. Không còn gia đình, tất cả những gì cậu có là con tàu và tàu ngầm do bà ngoại, một nhà hải dương học, để lại cùng với những khoản nợ của bà.
Hy vọng duy nhất để khôi phục lại những giấc mơ về tương lai đã mất của cậu là nắm bắt cơ hội do Catherine, một người thu nợ đáng ngờ, mang đến. Họ ra khơi để tìm kiếm tàn tích phòng thí nghiệm dưới đáy biển của bà ngoại cậu, với hy vọng tìm thấy kho báu mà người ta đồn bà đã để lại ở đó. Nhưng thứ họ tìm thấy không phải là tiền bạc hay châu báu, mà là một cô gái kỳ lạ đang nằm ngủ trong một chiếc quan tài dưới đáy biển. Atri.
Atri là một người máy, nhưng vẻ ngoài và sự phong phú trong cảm xúc của cô ấy sẽ khiến bất cứ ai nghĩ rằng cô ấy là một con người sống, có hơi thở. Để bày tỏ lòng biết ơn vì đã được trục vớt, cô ấy tuyên bố với Natsuki: “Tôi muốn hoàn thành mệnh lệnh cuối cùng của chủ nhân. Cho đến lúc đó, tôi sẽ là chân của cậu!”
Tại một thị trấn nhỏ đang dần bị đại dương bao phủ, một mùa hè khó quên sắp bắt đầu cho cậu bé này và cô gái robot bí ẩn…