“Blue Archive The Animation” là một bộ anime được chuyển thể từ trò chơi di động nổi tiếng cùng tên của NAT Games. Anime lấy bối cảnh tại Kivotos, một thành phố học viện rộng lớn, nơi tập trung nhiều học sinh đến từ các trường khác nhau. Người chơi sẽ vào vai Sensei, một cố vấn đặc biệt được triệu hồi để giúp giải quyết các vấn đề và xung đột xảy ra giữa các học sinh và trường học.
Câu chuyện xoay quanh cuộc sống thường ngày của Sensei và các học sinh của mình, những người thuộc Câu lạc bộ Điều tra Liên bang Schale (Schale). Họ cùng nhau đối mặt với nhiều thử thách và tình huống khác nhau, từ việc giải quyết các vụ án bí ẩn đến tham gia các hoạt động ngoại khóa và lễ hội. Trong quá trình đó, Sensei và các học sinh dần hiểu nhau hơn, xây dựng tình bạn và vượt qua những khó khăn.