Kamonohashi Ron, từng được gọi là thiên tài tại trường đào tạo thám tử hàng đầu thế giới, BLUE, nhưng đã bị tước bỏ tư cách thám tử vì một “khiếm khuyết” chết người. Sau những năm tháng bất hạnh, số phận của anh thay đổi lớn khi gặp gỡ Isshiki Totomaru, thành viên của đội điều tra số 1 Cục Cảnh sát Thủ Đô — thường được gọi là “Toto”.
Ron giải mã các bí ẩn, còn Toto thì dẫn đầu các cuộc điều tra. Cả hai dần trở thành một cặp đôi nổi tiếng khi lần lượt giải quyết các vụ án khó khăn.
Trong khi đó, có những người trong nội bộ BLUE đang dõi theo mọi hành động của Ron, trong số đó là hiệu trưởng Emerich, người từng là một trong những người hiểu Ron. Bà tiết lộ rằng Vụ Án “thực tập sinh đẫm máu”, nguyên nhân khiến Ron bị trục xuất, thực ra đã được một kẻ nào đó sắp đặt.
Kẻ đứng sau không ai khác chính là gia tộc tội phạm tồi tệ nhất lịch sử — gia tộc M. Người đứng đầu gia tộc là Milo Moriarty. Để khiến Ron rơi vào tuyệt vọng hơn nữa, Milo đã cử em gái mình, Winter, đến Nhật Bản.
Điều gì đã tạo nên mối hận thù giữa Ron và Milo…!?